وأوضح المكتب التنفيذي، أنّه من أبرز المسائل المطروحة في هذا الصدد هي مدى اختصاص دائرة الاتهام في إصدار بطاقات الإيداع في صورة عدم استئناف النيابة العمومية قرار قاضي التحقيق بعدم إصدار البطاقات القضائية طبق طلبها، ومدى اختصاص محكمة التعقيب بالنظر في الطعن في بطاقات الإيداع الصادرة عن دائرة الاتهام، وتنفيذ بعض القرارات الصادرة عن محكمة التعقيب بنقض قرارات دوائر الاتهام القاضية بإصدار بطاقات إيداع ومسألة تواتر صدور قرارات النقض دون إحالة لقرارات دوائر الاتهام في قضايا تعلقت باستحقاقات مالية كبيرة للدولة.
وأكّدت جمعية القضاة، على خطورة تلك الاختلافات التي قال إنّها بلغت حد التناقض في تطبيق أحكام مجلة الإجراءات الجزائية، في ظلّ غياب العمل بآليات توحيد الاجتهادات القضائية، مشيرة الى أنّ الاختلافات المذكورة لم تُطرح سوى في القضايا المرتبطة بالمتهمين في قضايا تتعلق بالفساد وتبييض الأموال والتهريب والإرهاب، من النافذين سياسيا وماليا وإعلاميا دون بقية القضايا.
ولفتت الى أنّ ذلك قد أضرّ بالثقة العامة في القضاء وبمبدأ المساواة أمام القانون والى انه أفضى إلى نتائج قالت انها عكسية واضعفت من دور القضاء ونجاعته في مكافحة الفساد والإرهاب كاستحقاقات وطنية ذات أولوية مطلقة، مُشددة على أن مقتضيات استقلال القضاء والتسيير الذاتي لإدارة العدالة تتطلب أن يتحمل المسؤولون القضائيون والهياكل القضائية كل من موقعه مسؤوليات معالجة التداعيات السلبية لأوجه القصور في توحيد الاتجاهات في تطبيق مقتضيات الإجراءات الجزائية وتطبيق القوانين بشكل عام.