كما طالبت الجمعية وزارة الشّؤون الدّينيّة برفع قضيّة ضدّ هذا المرصد، الّذي قالت إنه "امتهن وبصورة متكرّرة التّعدّي على شعائر الاسلام في تونس، وهذه المرّة يعتدي على الكتاتيب رغم أنّها من مؤسّسات الدّولة".
وجاء موقف الجمعية على خلفية مطالبة المرصد بـ"غلق الجمعيّات والمدارس الخاصة المسماة بالقرآنيّة"، التي قال إنها "ظهرت كالفقاقيع منذ 2011 بصفة عشوائية لتقوم بأدلجة الأطفال والشباب دون حسيب ولا رقيب وبأموال مشبوهة قصد تكوين إرهابيي المستقبل".

واعتبر مرصد الدفاع عن مدنية الدولة أن مطلبه مشروع من أجل حماية الأطفال وأمن الدولة، معتبرا أن في موقف جمعية الأئمة "تشويه واضح لموقف المرصد ومغالطة مفضوحة للرأي العام ودفاع مُبطّن عن المدارس الفوضويّة المشبوهة".

وأكد المرصد، في بيانه، أنه "يُدافع عن الدين الإسلامي الحنيف بوصفه نقي ومقدس ويتعين فصله عن السياسة"، معبرا عن رفضه المتاجرة به "لما انجر عن ذلك من محاولات لنسف مفهوم مدنية الدولة وتقويض أركانها ومن تهديد لطبيعة النظام الجمهوري الديمقراطي ومن مآس وفساد ومن عنف وإرهاب طالا حياة مئات الضحايا الأبرياء".