وأكّد أنّ له خلافات مع حركة النهضة لكنّه يرفض استعمال دمّ الشهيدين لتصفية حسابات، قائلا "المنافسة السياسية يجب أن تبقى في مستوى الشهامة والبرامج" حسب قوله.
وأضاف المرزوقي "من غير اللائق إخراج قضايا من هذا القبيل والإدعاء على الخصوم السياسيين.. السياسة أخلاق أو لا تكون".